墨运堂的历史可追溯到1805年，当时墨屋九兵卫在奈良市的饼饭殿创立了这一品牌的前身，最初以 “御坊藤” 作为商号开展墨的制造业务。随着时代变迁，进入明治时期后，商号经历了两次变更，先是改为 “松井墨云堂”，而后在明治三十三年确定为 “松井墨运堂”，并迁移至奈良市后藤町，开启了后续不断发展的历程。

昭和二十五年，“株式会社墨运堂” 正式设立，此后持续拓展规模。例如，昭和三十六年将工厂搬迁至西之京并进行扩建，同时设立研究室，以此提升产品研发与生产能力；昭和四十六年设置东京营业所，逐步拓宽销售渠道；昭和五十一年把总公司迁至奈良市杉町，进一步扩大业务范围。后续更是积极向国内外拓展，在美国纽约设立了美国墨运堂，在日本国内也不断对各营业所和店铺进行优化布局，像昭和五十八年将东京店升级并迁至台东区浅草桥，昭和六十年开设札幌营业所，平成元年开设福冈营业所等，通过这些举措让品牌影响力不断扩大。