始于1926年，因其创办人姓乐而得名，现发展为以现代科技生产古方传统品种和综合新剂型的中药企业，主营安宫牛黄丸、牛黄清心丸、大活络丸、石斛夜光丸、乌鸡白凤丸、六味地黄丸等多种产品

同仁堂药店是北京知名的老药店，其前身是“京都同仁堂乐家老铺”，之所以叫“乐家老铺”，是因它的创办人姓乐，叫乐尊育。据现任南京同仁堂药业有限责任公司董事长丁峰峻介绍，南京同仁堂药业有限公司的前身是同仁堂南京分号，始建于1926年，由同仁堂乐氏家族第十三代嫡传乐笃周受命筹办。

南京同仁堂药业有限责任公司位于美丽的雨花台风景区西麓，是南京市一家以现代科技生产古方传统品种和综合新剂型，集科、工、贸为一体的中药企业。

南京同仁堂药业有限责任公司历史悠久，其前身是北平同仁堂京都乐家老铺南京分号，于1926年在南京开业，1955年更名为公私合营南京同仁堂国药号股份有限公司，1957年定名为南京同仁堂制药厂。1998年，改制组建南京同仁堂药业有限责任公司。

2000年按国家行业管理的要求，公司投巨资进行GMP改造，引进了片剂、丸剂、胶囊剂、颗粒剂、口服液等剂型的生产线。2002年11月，九个剂型一次性通过国家GMP认证。公司持续获得国家“高新技术企业”殊荣。2018年，公司在浦口南京生物医药谷建成占地154亩新厂区，生产自动化程度显著提升、产品质量精确可控，加快了企业科技发展步伐，使中成药的技术含量得到大幅度提升。

在继承和发扬传统精粹安宫牛黄丸、牛黄清心丸、大活络丸、石斛夜光丸、乌鸡白凤丸、六味地黄丸的同时，企业相继自行研制、开发了一批颇具特色的新产品。

2013年南京同仁堂深化改革，创新营销模式，在短时间内完成组建了3000多人的专业销售团队。数据显示，2013-2018年，南京同仁堂复合增长率达到70%以上。