学院创建于1947年8月，前身为中央工委青年干部训练班。70多年来，先后经历了张家口军委工程学校、北京电子专科学校、北京电子科技学院等发展时期。2003年，学院与西安电子科技大学开展联合培养学术型硕士研究生。2011年，学院独立开展硕士专业学位研究生培养试点工作。2018年，学院获批硕士学位授予单位，同年，学院与中国科学技术大学、北京邮电大学联合开展博士研究生教育。2021年，学院获批博士学位授予单位。

截至2019年9月，学院现有4个系和2个教学部：密码科学与技术系、网络空间安全系、电子与通信工程系、密码保密管理系、思想政治理论教学研究部和人文社会科学教学研究部。下设8个本科专业：信息安全、密码科学与技术、电子信息工程、计算机科学与技术、通信工程、网络空间安全、保密管理和行政管理。学院现有1个网络空间安全一级学科博士学位授权点和3个硕士学位授权点:网络空间安全、电子信息、公共管理（MPA），其中电子信息专业学位授权点包括新一代电子信息技术(含量子技术等)、通信工程(含宽带网络、移动通信等)、计算机技术等3个领域。同时，与中国科学技术大学、北京邮电大学联合培养网络空间安全学术型博士，与西安电子科技大学继续联合培养信息与通信工程、计算机科学与技术学术型硕士。